Józef Kalinowski urodził sie w Wilnie w 1835 roku. Kształcił sie w Wileńskim Instytucie Szlacheckim, a następnie ukończył Mikołajewska Akademię Inżynierii Wojennej. Wybuch powstania styczniowego zastał go w rosyjskiej twierdzy w Brześciu Litewskim, w stopniu kapitana. Uzyskawszy dymisję z armii Carskiej, w maju 1863 roku oddał się do dyspozycji rządu Narodowego, który powierzył mu obowiązki powstańczego ministra wojny na Litwie. Aresztowany rok później, skazany na śmierć i ułaskawiony, spędza dziesięć lat na Syberii.
Wkrótce po powrocie z zesłania przyjmuje propozycje księcia Władysława Czartoryskiego i wyjeżdża do Paryża, do Hotelu Lambert, jako wychowawca książęcego syna - Augusta.
Po upływie dwóch lat rezygnuje z posady i w 1877 roku wstępuje do karmelu, gdzie przyjmuje imię Rafał od Świętego Józefa.
Zmarł w Wadowicach w 1907 roku pełniąc do końca funkcję przeora tamtejszego klasztoru Karmelitów Bosych. Pochowano go w Czernej. W czerwcu 1983 roku Ojciec Święty Jan Paweł II, na krakowskich Błoniach beatyfikował ojca Rafała Kalinowskiego, a 17 listopada 1991 roku w Rzymie ogłosił Świętym.